Berdirinya Pondok Pesantren Modern Man Ana yang merupakan 'anak' dari Pesantren Yatim dan Dhuafa Al-Irsyad Ciputat, berawal dari kegundahan KH. Mahfudin Arsyad, pengasuh pesantren, yang menyaksikan ketimpangan sosial yang terjadi di masyarakat. Jurang kemiskinan menganga lebar, menyebabkan banyak orang tua tak mampu membiayai anak-anaknya untuk mengenyam pendidikan. Berangkat dari kepedulian itulah, KH. Mahfudin Arsyad, 'mempondokkan' rumahnya di bilangan Ciputat, Tangerang Selatan. Anak-anak yang orang tuanya tak memiliki biaya untuk sekolah, dibantu pembiayaannya. Anak-anak yatim dan yatim piatu, dirangkulnya untuk tinggal bersama di bawah satu atap.
Menurut KH. Mahfudin Arsyad, awalnya ia hanya merawat satu-dua anak tetangga yang yatim dan dhuafa. Anak-anak tersebut dibiayai sekolahnya dan diberikan uang setiap bulan untuk biaya kebutuhan hidupnya. Kondisi itu berlangsung sekitar tahun 2002. Saat itu saya masih bekerja di salah satu perusahaan BUMN yaitu PLN sebagai supir, ucap kyai muda kelahiran Jakarta, 22 Juni 1978 ini.
Alhamdulillah setelah merawat mereka, rezeki dari Allah makin bertambah. kini saya memiliki beberapa perusahan, baik didalam negeri maupun di luar negeri. ungkap KH. Mahfudin. Lebih lanjut, alumnus Pondok Pesantren Daarul Qalam Gintung dan Jombang jawa Timur ini menjelaskan, dari yang awalnya hanya satu dua orang yatim yang tinggal bersamanya, berbilang tahun jumlahnya bertambah banyak. Maka kemudian secara formil, ia pun membentuk Pesantren Yatim dan Dhuafa Al-Irsyad pada 2004, meski saat itu pendidikan formal para santri masih diserahkan kepada sekolah-sekolah formal di luar lingkungan pesantren.
Perkembangan Pesantren Yatim dan Dhuafa yang terus maju ditambah jumlah santri yang kian meningkat, sehingga lingkungan di Ciputat dirasa tidak kondusif lagi bagi kegiatan pesantren, maka sekitar tahun 2011 dibangunlah Pondok Pesantren Modern Man Ana di wilayah Gunung Picung, Pamijahan, Bogor Jawa Barat, yang kemudian diresmikan pada 9 Juli 2011.
Secara umum, menurut Kyai muda yang menyelesaikan jenjang pendidikan S1 nya di Univeristas Muhammadiyah Jakarta ini, kemudian beliau melanjutkan S2 di Asia Afrika hingga akhir pendidikannya di S3. Tiga fungsi utama Pesantren modern Man Ana adalah pertama, sebagai lembaga pendidikan yang melakukan transfer ilmu-ilmu agama (tafaqquh fiddin) dan nilai-nilai Islam (Islamic values); kedua, sebagai lembaga keagamaan yang melakukan kontrol sosial kemasyarakatan (social control); dan ketiga, sebagai lembaga keagamaan yang melakukan pengembangan masyarakat (community development).
Keberlangsungan fungsi ini dipelihara dengan menggunakan prinsip perawatan akan tradisi-tradisi yang baik dan sekaligus mengadaptasi perkembangan keilmuan baru yang lebih baik (al-muhafazah ala al-qodim al salih wa al-akhdzu bi al-jadid al-aslah), jelas Kyai yang kerap melakukan dakwah ke mancanegara ini, semisal Jepang, Hongkong dan Macau.