Satu hal yang menarik dari pesantren ini adalah soal nama yang relatif berbeda dengan pondok pesantren modern lain yang pada umumnya menggunakan nama Darul seperti Darul Qolam, Darur Rahman, Darus Salam. Ataupun nama dari pendirinya, semisal Asy-Syafiiyah, Ath-Thahiriyah dan lainnya. Menjawab hal ini, Kyai yang sekaligus pengusaha ini menjelaskan bahwa nama Man Ana tersebut diambil sebagai bentuk ta'zim (penghormatan) kepada gurunya semasa di pesantren Daarul Qolam yakni allahuyarharm almaghfurlah KH. Ahmad Rifai Arif.
Dahulu beliau selalu bilang kepada kami para santrinya, is-al kafa binafsika, man ana (tanyakan kepada dirimu sendiri, siapa saya?). Awalnya saya cuma bisa menghafal dan mengingat ucapan beliau. Tapi belakangan, setelah makin dewasa dan kian dalam mengkaji ilmu agama, saya baru faham ucapan beliau yang sesungguhnya sangat filosofis dan menggugah kesadaran terdalam kita, urai KH. Mahfudin.
Itulah sebabnya kemudian, kenapa pesantren ini saya beri nama Man Ana. Karena saya ingin, semua santri yang saya didik, mampu mengenal dirinya sendiri, sehingga kemudian mereka akan mengenal Allah sang Pencipta. seperti sebuah maqol, man arofa nafsah, faqod arofa robbahu. barang siapa yang mengenal dirinya, dia akan mengenal Tuhannya. jelas KH. Mahfudin panjang lebar.
Tak hanya nama, logo pesantren ini juga terbilang cukup unik, yaitu berupa sebuah tanda tanya besar dikelilingi tujuh buah bintang dan ditopang kaligrafi kalimat laa ilaha illallah muhammadur rasulullah berbentuk bulan yang kesemuanya ditopang oleh sebuah pita yang juga menjadi nama dari pesantren.